På samme måte som innovasjonsprosjektene bør ha et klar prosesstruktur rundt seg, burde styringen av innovasjonsarbeidet ha klare og definerte rammer. Det er ingen motsetning mellom innovasjon og praktiseringen av god mål og resultatstyring.
Et innovasjonssystem bør knyttes opp mot noen overordnede mål. I en tidlig fase kan det være nok med et mål, f.eks at innovasjonsprosjekter skal gjennomføres i hele organisasjonen. Senere kan en utvikle effektmål og kvantifisere disse. Mål som ikke følges opp, eller måloppnåelse som ikke nås eller mangel konsekvenser ved avvik, er bortkastede mål. Skal innovasjonssystemet fungere trengs det styring og oppmerksomhet på dette. Ansvar og roller i innovasjonssystemet må knyttes til mål og måling som ledd i den ordinære resultatstyringen i kommunen. Innovasjon må inkluderes som en aktivitet i virksomhetsplanene, det må settes mål og en følger opp og vurderer måloppnåelsen gjennom den ordinære styringsdialogen.